清初对河西统治方式，基本上是沿袭明制，仍称镇番卫。直支雍正二年（1724），才改设府县，凉州设府，下辖镇番县。

在中原地区政局变化的同时，漠南漠北也发生着巨大变化。

明崇祯八年（1635），清皇太极命其弟多尔衮西征，进入河套、威逼河套蒙古诸部。这时的河套蒙古已是分崩离析，如居住于河西诸卫内外的蒙古人，多依附于明朝，镇、卫，蒙古汗王的号召力已不起多大作用。不久，明朝灭亡，诸蒙古相继归属清朝。

在河套鞑靼蒙古降清和河西少数鞑靼蒙古东迁的同时，又一支蒙古人却从西向东迁移，部分进入河西走廊南北，这就是前面所说的瓦刺蒙古。因迁居后的居地在洒套以西，又称“西套蒙古”。西套蒙古的一支，后来建立了阿拉旗蒙古的来历、建旗情况略作说明。

瓦刺在明成祖时东下，其首领脱欢、也先在信时雄长一时。

但以后衰落，退居新疆。就在清兵多尔衮进军河套的同一年，瓦刺蒙古的和硕特部固始汗已经开始进军西藏的活动。直至崇祯十二年（1639），整个和硕部东迁，大部分进入青海、西藏，固始汗之兄拜巴噶斯则进入西套。同时期迁来的还有准噶尔部楚琥尔乌巴什的属下。后来，西套蒙古主要包括和硕特部的一部分和准噶尔部的一部分。

瓦刺部分东迁之后，准噶尔部首领巴图尔浑台统一了西部蒙古。死后，其子准噶尔继承父业，向东扩张。康熙十六年（1677）准噶尔在征服青海和硕特之后，进兵西套，杀拜巴噶斯之子鄂齐尔图。固始汗之孙和罗理·巴图尔·额尔克济农率族人万余帐归附清朝。康熙封其为扎萨克，赐贺兰山（译为阿拉善）以西为其特等。康熙三十六年（1697）清廷正式下令建立阿拉善旗。旗的分介，据清官员侍郎拉笃祜的报告说：“自宁夏所属玉泉营以西，罗萨喀  山咀后，至贺兰山阴一带，布尔尔哈苏台之口。又自西宁所属倭波岭塞口以北，努浑努鲁山后。甘肃所属镇番塞口以北，沿陶阑泰、萨  春济、雷浑希里等地，向西至卮济纳河，俱以离边六十里就成了阿拉善旗的牧场。瓦刺蒙古代替了原来的河套蒙古与民勤为邻了。

康熙急于批准建立阿拉善旗，一方面是这支瓦刺蒙古迁居河西走廊后来去无定，影响河西的安定，需要安置；另一方面，也是主要原因，准噶尔政权的葛尔丹汗不时从天山以北向东扩张，不仅掠夺这支西套蒙古，而且还深入离北京七百赶时髦的乌兰布通（今克什克腾），严重威胁清朝。直至康熙三十六年（1967）康熙御驾亲征，才将葛尔丹击败，向西逃亡。安置阿拉善蒙古，就可以瓦解噶尔丹的势力，使其与准葛尔政权底分离。

但是，当时的勘界是草率的。具体解决这一问题的理藩院侍郎拉笃祜并不了解历史情况，而公以当时牧场现状勘分地界，因而将西汉建立武威郡以来整个谷水水系都归武威郡及其下属县管理的传统给割断了。其至明代的镇番卫辖区也被划去了许多。以后，清朝政府不断修改，才逐渐缓和了矛盾，使之较拉近历史实际。

明、清时期是民勤地方农业的恢复和发展时期，水利灌溉系统的制度化，促进了农业生产的发展，同时也带动了畜牧业生产，经济的繁荣，加速了人口的增长，文化的昌盛。从东汉以后逐渐衰落的景象重新复更生。

辛亥革命后，命令废除带有岐视少数民族性质的地名，将镇番县改为民勤县。取其男耕女织，人民勤劳之意，这完全符合民勤的人民特点。民勤人正是通过艰苦的劳动战胜沙海，在塞上建立起绿洲田园。所以，以民勤[2]为县名，反映了全县人民的民情风貌和光荣传统。