金天会九年(1131年)，金兵入陇右，取熙、河、兰诸州，河州入于金。天会元年(1123年)，金设积石州。金初，沿宋制，县地属临洮府河州。皇统二年(1142年)更临洮府为临洮路，仍属之。南宋宝庆二年(1226年)蒙古灭西夏后，攻克河州、积石州，县地入蒙古汗国。

元初属陕西行中书省巩昌路。元始祖至元六年(1269年)改河州为河州路，隶宣政院，辖定羌、宁河、安乡三县。

明洪武三年(1370年)，明将邓愈攻克河州。明洪武四年(1371年)，置河州卫，受辖于陕西都司西安行都卫。基层实行里甲制度，河州原制45里，明嘉靖时人丁减少缩为31里，县境内有银川、木叶、吹麻、下川、样卑5里。六年(1373年)置河州府，领宁河、安乡二县，县地属安乡县。成化九年(1473年)改河州军民指挥使司为河州卫，复置河州。县境银川里、木叶里、吹麻里、样卑里、下川里皆属河州。

清初，县境属临洮府河州管辖。康熙四十四年(1705年)，废除明代里甲制，改设会社制，县地为西乡二十九会中的十八会。乾隆二十七年(1762年)移河州同知于循化营，设循化厅，县境内癿藏、红崖、端言、回回、迭古、仰化六部族，归其管辖。

民国元年(1912年)，分甘肃省行政区划为七道，县地属兰山道河州。民国二年(1913年)，北洋政府废府、州制，将河州改为导河县，县境属之。民国十八年(1929年)改导河县为临夏县，县境癿藏、小关、中咀岭、居集乡部分沿山地区属循化县，银川、铺川、安集等地属永靖县，其余属临夏县。

1949年8月，在中国共产党的领导下，积石山解放，人民获得新生。1949年8月至1958年，县境除安集、银川、铺川乡外，其余属临夏县。

1958年底，临夏市、临夏县、永靖县合并为临夏市。

1961年，恢复临夏县建制，县境属临夏县。

1980年6月14日，国务院批准成立积石山保安族东乡族撒拉族自治县。