水电资源丰富，黄河一级支流洮河流经县境8乡镇，长达174千米，各类大小河流呈网状分布，年地表径流量28.9亿立方米，水能蕴藏量62.84万千瓦，技术可开发利用量50.37万千瓦。

卓尼县地下矿藏较为丰富，初步探明的有金、银、铜、铁、铅、锌、汞、大理石、石灰石等。

卓尼县的牲畜品种中，以车巴沟的犏牛，北山的牦牛，完冒等的藏羊、蕨麻猪，新洮地区的紫羔羊。有国家一、二、三类保护的珍禽异兽金钱豹、水獭、猞利、梅花鹿、胡兀鹫、林麝、黑熊20多种。

截止2000年，卓尼县总人口95659人。

卓尼县有藏、汉、回、土、满、苗等10多个民族。藏族人口占总人口的62%。

2012年，实现地区生产总值10.68亿元，同比2011年增长14.2%，完成大口径财政收入1.24亿元，同比2011年增长11.84%。实现社会消费品零售总额2.54亿元，同比2011年增长32.7%。城镇居民人均可支配收入达到13695元，同比2011年增长17.5%。农牧民人均纯收入达到3271元，同比2011年增长16.6%。

同2013年相比，2014年上半年实现工业增加值12595万元。

2012年，农作物播种总面积105.13平方千米，其中:粮食播种面积50.6平方千米，油料面积26.33平方千米，蔬菜面积 1.4平方千米，药材面积13.33平方千米，其他农作物面积14.13平方千米，粮食产量达1.28万吨，油料产量达0.43万吨。农机具拥有量达17692台，总动力达59279千瓦。

2012年，农牧业增加值2.99亿元，农牧民人均纯收入3268元。全县成立生产加工龙头企业3个，年产值达2260万元，农产品加工率为13%;成立农牧民专业合作社83个;流转土地125.122平方千米，流转率达2.3%。

改革开放初期，全县各类牲畜仅存栏19.76万头，牧业产值372万元，占全县农业总产值的31.58%，牧民人均纯收入48元。至2008年底，全县各类牲畜存栏36.78万头，出栏13.52万头，牧民人均纯收入达到1618元，比1978年增长了33.7倍。

从2000年起，卓尼县从青海、玛曲等地引进良种牦牛和藏羊，对本地品种进行改良。2007年在大峪、柏林牧场建立牦牛种公畜选育及繁育基地。