2015年，卓尼县下辖3个镇，11个乡，1个民族乡。

镇:柳林镇、扎古录镇、木耳镇

乡:纳浪乡、洮砚乡、藏巴哇乡、喀尔钦乡、申藏乡、恰盖乡、康多乡、阿子滩乡、完冒乡、刀告乡、尼巴乡。

民族乡:勺哇土族乡。

卓尼县地处青藏高原东部，卓尼县位于甘肃省，甘南藏族自治州东南部，介于东经102°40′-104°02′，北纬34°10′-35°10′。卓尼县东接岷县、漳县，北靠渭源、康乐、和政，南邻迭部、四川省若尔盖县，西通合作、碌曲，中部与临潭县插花环接。东西长115千米，跨径1°22′，南北宽113千米，跨纬1°。总面积5419.68平方千米。

卓尼县全县地质属北秦岭皱褶带南部，结构复杂。

卓尼县县域属秦岭东西向复杂构造带的西部，亦称西秦(岭)。地貌大部分为中低山地形，地势西南高，东北低。最高点为南部札伊克嘎峰，海拔4920米，最低为东北部藏巴哇地区，海拔2000米，高低相差2920米。卓尼县南部为东西走向的迭山山脉，构成县境内的屋脊;迭山以北为洮河水系切割的中岱地形，除海拔3600米以上部分为裸露岩石外，其余为茂密森林和山地草场，河谷地带则形成许多冲积滩地;中部为高原丘陵地貌为主，河谷开阔;北部由武当山等诸多山峰形成北部屏障，呈破碎的高山地貌形态。

卓尼县年均气温4.6摄氏度，年均降水量580毫米，无霜期119天，属高原性大陆气候，寒冷湿润，四季不明，山高林多湿度大。