远在春秋战国时期，合作就是古西羌首领无戈爰剑建立羌族政权的北塞重镇。

中唐时期，西北游牧民族吐谷浑在北距合作80公里的枹罕地区建都立国，并开辟打通了历史上著名的西连西域、西藏和印度，南接中原和西蜀的"丝绸南路"。

清代以后，合作曾一度被称为"黑措"，系藏语音译，又称"羚城"，意为羚羊出没的地方。

清雍正朝时属兰州府循化厅管理下的南番二十一寨中的黑措寨。

清道光二十六年(1846年)，黑措四沟的藏族人民在当地土官洪布刚究、束奴突巴的率领下起义，失败后，黑措和美武被划入洮州厅辖区，中华民国时被划归夏河，编为夏河设治局第四区。

1953年，甘南藏族自治区(后改为州)成立时，就选定了四周岗阜罗列，低山环抱，地势平坦宽阔的沉积盆地黑措为州府驻地。

1954年，由甘肃省设计公司对城区建设作了初步规划后，于1955年开始全面建设。

1956年5月，州人民委员会所属部分机关率先从夏河拉卜楞迁来此地办公，镇名亦同时改为合作，既取藏语谐音，又象征民族团结、和睦。

1996年6月，经国务院批准，甘肃省人民政府正式通知设立合作市，经过一年的筹备，合作市于1998年1月1日正式挂牌运作。随后撤销合作镇，于2000年1月18日设立了4个街道办事处。

2010年合作市辖6个乡4个街道办事处，即佐盖多玛乡、佐盖曼玛乡、卡加道乡、卡加曼乡、勒秀乡、那吾乡、通钦街道、当周街道、坚木克尔街道、伊合昂街道，有38个村民委员会、8个社区居委员会、249个村(居)民小组。

合作市位于甘南藏族自治州北部，地处东经100°44′45″~104°45′30″，北纬33°06′30″~35°32′35″之间。东连卓尼县，南靠碌曲县，西接夏河县，北倚临夏回族自治州和政、临夏两县。合作市距临夏州105千米，距省府兰州市267千米。全市总面积2670平方千米，其中草场面积16.45万公顷，耕地面积1.02万公顷，林地面积1.33万公顷，城区面积11.4平方千米。