阿克塞县多山，主要山脉有:

(1)党河南山，属祁连山山脉组成之一。西北、东南走向。最西起于阿克塞县境内，东至天祝藏族自治县境内的马雅雪山，长约900千米，宽250~300千米，地势自西向北倾斜，缓慢降低，最高处海拔5327米。山间分布许多峡谷和小盆地，水草丰茂，是良好的牧场，分布有许多雪山，是河西走廊的"天然水库"。

(2)野牛脊山，地处党河南山南部。党河南山东南脉与野牛脊山东北脉相连。山脊海拔一般为4000米左右，最高峰海拔4904米，东南部连接青海省。

(3)喀克吐蒙克山，地处野牛脊山和土尔根达坂山中部，山脊海拔3592米，在建设乡东南。

(4)塞什腾山，地处海子草原南部，北坡连接着海子南岸。山脊海拔一般3600~4000米左右，最高峰海拔4576米。山南为青海马海。

(5)土尔根达坂山，地处海子草原东南部。山脊海拔高5000米左右，最高峰海拔5280米。

(6)大小红山，地处阿尔金山北部、多坝沟西部，在多坝沟乡与和平乡中间地带。根据有关史料推断，属汉唐时期的西紫亭山。大红山海拔高2640米，小红山海拔高2052米。

阿克塞县处于柴达木盆地荒漠与河西走廊荒漠包围之中，气候的冷、热、干、湿明显差异。年均气温在3.9℃以下，最冷气温均在一月份，平均气温为-9-20℃，最热气温在七月份，平均气温为11-16℃。年均降雨量在18.8-176毫米之间，而年蒸发量为1800-2500毫米。